La Universidad CAECE está organizada departamentalmente.
Cada carrera de grado depende de un Departamento, que también es responsable de las materias de su área que se dictan en otras carreras, de modo que hay carreras atendidas por más de un Departamento.

Rector: Prof. Jorge Bosch
Vicerrector General y Director de Informaciones: Prof. Henri Bosch
Vicerrector Académico: Dr. Carlos Lac Prugent
Vicerrectora de la Subsede Mar del Plata:
Lic. María Alejandra Cormons
Secretaria Académica: Lic. Mariana A. Ortega
Secretario Académico de la Subsede Mar del Plata:
Lic. Jorge Finochietto
Director Financiero: Prof. Mario Capoccetti
Director de Organización y Sistemas: Lic. Daniel Vegega

Directores de Departamentos:

Sistemas: Lic. Fernando López Gil
Matemática: Dr. Daniel Prelat
Administración: Magister Claudia Aguilar
Filosofía: Lic. Nilda Robles
Psicología y Ciencias Pedagógicas: Magister Mabel Del Giúdice
Ciencias Biológicas: Dra. Silvia Copelli
Humanidades: A cargo del Vicerrector General